吃西红柿一定要清洗干净。西红柿表面可能残留农药、灰尘或微生物，直接食用可能引起胃肠不适或感染风险。
西红柿在种植过程中可能使用农药防治病虫害，即使经过采摘后处理，表皮仍可能附着微量农药残留。流动清水冲洗能有效去除表面大部分农残，配合软毛刷轻刷可清除凹凸处的污垢。生食西红柿时更需彻底清洁，避免沙门氏菌等致病微生物通过消化道进入人体。市售预包装西红柿虽经过初步清洁，但运输储存环节可能产生二次污染，建议食用前再次清洗。有机种植西红柿同样需要清洗，可能携带土壤中的寄生虫卵或天然毒素。
部分特殊品种如圣女果因表皮褶皱较多，需掰开蒂部冲洗隐藏污垢。即食型小番茄若标明免洗字样，可参考包装说明处理。高温烹饪前简单冲洗即可，热处理能杀灭多数微生物。对西红柿过敏人群需注意，表皮残留的花粉可能引发过敏反应，去皮食用更为安全。
建议用流动水冲洗西红柿30秒以上，重点清洁果蒂凹陷处。清洗后及时食用或冷藏保存，避免反复冲洗破坏保护膜。日常可将西红柿与其他果蔬分开清洗，防止交叉污染。出现表皮破损、霉斑的西红柿应当丢弃，不可仅切除腐烂部分后食用。
