吃臭豆腐对身体有一定好处，但需适量食用。臭豆腐含有蛋白质、钙、铁等营养素，发酵过程中可能产生益生菌，但高盐、高脂及发酵工艺差异可能带来健康风险。
臭豆腐经霉菌发酵后蛋白质部分分解为氨基酸，更易被人体吸收，其钙含量高于普通豆腐，对骨骼健康有帮助。发酵过程中产生的植物性乳酸菌可能调节肠道菌群，但菌种与数量受制作工艺影响较大。部分臭豆腐含B族维生素，如维生素B12，对素食者是补充来源。油炸臭豆腐会大幅增加脂肪含量，高温烹饪可能产生丙烯酰胺等有害物质，建议选择非油炸品种。传统自然发酵的臭豆腐可能含较多生物胺，敏感人群食用后易出现头痛、心悸等不适。
建议选择正规厂家生产的包装臭豆腐，避免街头摊贩卫生不达标的产品。高血压患者应注意控制食用量，避免钠摄入过量。食用后出现腹泻、皮肤瘙痒等症状应立即停食。日常饮食中可将臭豆腐作为偶尔调剂，不宜替代常规豆制品摄入。
