普通肠镜切除息肉通常不会产生明显疼痛，但可能伴随轻微不适感。肠镜操作前会使用局部麻醉或镇静药物减轻不适，具体感受与息肉位置、大小及个人耐受度有关。
肠镜检查过程中，医生会将带有摄像头的软管经肛门插入肠道，发现息肉后使用电切圈套器或活检钳进行切除。黏膜层息肉切除时神经分布较少，多数人仅感觉腹部胀气或牵拉感。直径小于5毫米的扁平息肉切除几乎无感，带蒂息肉切除可能出现短暂隐痛。操作时肠腔充气可能引发腹胀，但疼痛评分多维持在2-3分10分制。部分敏感人群可能出现肛门坠胀或排便感，这些均属正常生理反应。
少数情况下可能增强不适感。直径超过1厘米的广基息肉切除时，电凝止血可能产生短暂灼热感。肠道转弯处如肝曲、脾曲的息肉切除，因肠壁较薄可能出现较强牵拉痛。既往有腹部手术史者可能因肠粘连增加操作难度。炎症性肠病活动期患者黏膜脆弱，切除后可能有持续隐痛。这些情况医生会提前评估风险，必要时转为无痛肠镜。
术后2天内避免剧烈运动及摄入刺激性食物，观察是否出现持续腹痛、便血或发热。选择经验丰富的内镜医师操作能显著降低不适风险，焦虑者可术前与医生沟通镇静方案。建议40岁以上人群定期进行肠镜检查，早发现早治疗可避免复杂息肉切除带来的不适。
