鼻腔镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻微不适或异物感。检查过程中的感受主要与鼻腔结构敏感性、操作者手法熟练度、患者配合度等因素相关。
多数情况下，检查前会使用表面麻醉药物减轻不适感。医生会将直径约3-5毫米的软性内窥镜缓慢插入鼻腔，过程中可能产生短暂酸胀感或喷嚏反射。对于鼻中隔偏曲不明显、鼻甲无显著肿胀的患者，检查通常可在3-5分钟内完成，不适感多为一过性。
少数鼻腔结构异常或炎症急性期患者可能出现较强不适。鼻中隔严重偏曲者可能因器械通过受阻而感觉压迫性疼痛，过敏性鼻炎发作期患者黏膜充血时接触内镜易诱发疼痛。这类情况医生可能调整检查方案，必要时改用更细的儿童型号内镜或分次检查。
检查后可尝试用生理盐水冲洗鼻腔缓解干燥感，避免用力擤鼻以防黏膜损伤。选择经验丰富的耳鼻喉科医师操作，检查前充分沟通消除紧张情绪，均有助于减轻检查不适。若出现持续出血或剧烈疼痛应及时返院复查。
