未引起症状、梗阻或感染的小结石通常不需治疗。大量饮水增加尿量，有助于冲刷出某些小结石；一旦结石排出，则不需其他紧急处理。麻醉性镇痛剂可缓解肾绞痛。
通常情况下，直径小于1.5cm或更小的肾盂或输尿管上段的结石可用超声波碎裂(体外震波碎石术)，继之结石碎片随尿排出。有时可经皮肤切口去除结石(经皮肾石切除术)，然后辅以超声波治疗。输尿管下段的小结石可用内窥镜(一种小型柔软的内腔镜)插入尿道，经膀胱去除。
尿酸结石有时可通过碱化尿液(如口服枸橼酸钾)而被逐渐溶解，但其他类型的结石，这种方法无效。非常罕见引起梗阻的较大结石需手术去除。
