新生儿癫痫通常可以控制或治愈，治疗效果与病因、发作类型及干预时机密切相关。主要影响因素有病因可逆性、脑损伤程度、药物敏感性、发作频率、治疗规范性。
代谢异常或低血糖等可逆病因导致的癫痫，纠正原发病后多可完全治愈。如维生素B6依赖症患儿补充维生素B6后发作可消失。这类情况需通过血尿筛查、基因检测明确诊断。
重度缺氧缺血性脑病或脑畸形患儿可能遗留难治性癫痫。磁共振检查显示脑软化灶范围越大，完全控制发作概率越低。此类患儿需联合抗癫痫药物与康复训练。
约70％患儿对丙戊酸钠、左乙拉西坦等一线药物反应良好。部分遗传性癫痫综合征对特定药物敏感，如婴儿痉挛症可用促肾上腺皮质激素治疗。药物选择需根据脑电图与基因检测结果。
发作初期每月超过5次的患儿更易进展为难治性癫痫。频繁发作会导致脑网络重构，增加治疗难度。早期使用生酮饮食或迷走神经刺激等辅助治疗可改善预后。
坚持足疗程用药是关键，突然停药易致发作复发。多数患儿需持续用药2-4年，脑电图正常化后方可逐步减药。治疗期间需定期监测血药浓度与肝肾功能。
家长应记录发作形式与持续时间，避免声光刺激诱发发作。母乳喂养母亲需避免服用影响抗癫痫药物代谢的食物。康复期可进行抚触与被动运动训练促进神经发育，定期随访评估智力运动水平。出现发作持续时间延长或意识障碍需立即就医。
