脑松果体囊肿多数情况下属于良性病变，通常不严重。脑松果体囊肿的严重程度主要与囊肿大小、是否压迫周围组织、是否引起症状等因素有关。部分患者可能出现头痛、视力障碍、内分泌紊乱等症状，但多数患者无明显不适。
体积较小的脑松果体囊肿通常不会引起明显症状，多数是在头部影像学检查中偶然发现。这类囊肿生长缓慢，极少对松果体功能或周围脑组织造成影响，一般无须特殊治疗，定期复查头部磁共振即可。患者可能伴随轻微头痛或头晕，但症状多与囊肿无直接关联。
当囊肿直径超过一定范围或位置特殊时，可能压迫中脑导水管导致脑积水，或影响视觉传导通路引发视力异常。极少数情况下囊肿可能干扰褪黑素分泌，造成睡眠节律紊乱。若出现持续加重的头痛、恶心呕吐、复视或意识障碍，需警惕囊肿增大或并发症发生，此时需神经外科评估是否需手术干预。
建议确诊脑松果体囊肿的患者每半年至一年复查头部磁共振，观察囊肿变化。日常生活中注意记录头痛发作频率、视力变化及睡眠质量，避免剧烈运动或头部外伤。若出现新发神经系统症状应及时就诊，由神经外科医生评估是否需要行囊肿穿刺引流或开颅手术。
