根尖囊肿治疗后存在一定复发概率，但规范治疗可显著降低复发风险。根尖囊肿复发主要与病灶清除不彻底、牙体修复不当、口腔卫生不良等因素相关。
根尖囊肿复发多见于治疗不规范的病例。若根管治疗时未能彻底清除感染物质或充填不严密，残留的细菌可能导致炎症复发。手术摘除囊肿时若囊壁残留，也可能成为复发隐患。术后未及时进行牙冠修复，牙齿折裂风险增加，细菌易再次侵入根尖区。患者口腔卫生维护不足，龋齿或牙周病可能引发新的根尖感染。免疫低下状态如糖尿病控制不佳，可能影响组织愈合。
规范化的现代牙科治疗能有效控制复发。显微根管治疗可提高清创精确度，超声荡洗能清除根管复杂结构内的感染物。意向再植术或根尖切除术适用于顽固性病例，配合生物材料填充可促进骨组织再生。术后3-6个月应复查X线观察愈合情况，出现咬合不适或牙龈肿胀需及时就诊。长期维护需每日使用含氟牙膏刷牙两次，配合牙线清洁邻面，每半年进行专业洁治。
建议选择具有显微治疗设备的正规口腔机构进行治疗，术后避免用患牙咬硬物。吸烟患者应戒烟以改善组织血供，糖尿病患者需控制血糖水平。若发现治疗牙出现自发痛、牙龈瘘管等症状，应立即复查CBCT明确是否复发，早期干预可获得较好预后。
