肠道真菌孢子感染多数情况不严重，但免疫功能低下者可能出现严重并发症。肠道真菌感染可分为白色念珠菌定植、侵袭性念珠菌病、隐球菌感染、罕见毛霉菌病等类型。
1、白色念珠菌定植健康人群肠道常存在少量白色念珠菌，通常无临床症状，无须特殊治疗，保持饮食均衡即可。
2、侵袭性念珠菌病长期使用抗生素或免疫抑制剂可能导致真菌过度繁殖，表现为腹泻、腹胀，需使用氟康唑、伊曲康唑等抗真菌药物。
3、隐球菌感染HIV感染者等免疫缺陷人群易发生隐球菌肠炎，伴随发热、体重下降，需两性霉素B联合氟胞嘧啶治疗。
4、毛霉菌病糖尿病酮症酸中毒患者可能出现致命性毛霉菌感染，表现为血便、肠穿孔，需手术清创联合泊沙康唑治疗。
日常需避免滥用抗生素，糖尿病患者应控制血糖，出现持续腹泻伴发热应及时就医进行粪便真菌培养。
