生殖器疱疹的晚期表现包括皮肤溃疡长期不愈、神经痛、反复发作性皮损及淋巴结持续肿大，提示疾病进入慢性或免疫抑制阶段。
1、皮肤溃疡疱疹破溃后形成深部溃疡，边缘不规则，可能继发细菌感染。需局部使用阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦凝胶等抗病毒药物，合并感染时联合莫匹罗星软膏。
2、神经痛病毒侵犯骶神经根导致会阴部灼痛或刺痛，可持续数月。加巴喷丁胶囊、普瑞巴林胶囊等神经镇痛药可缓解症状，严重时需神经阻滞治疗。
3、反复皮损同一区域每年发作超过6次，伴瘢痕形成。长期抑制治疗需口服伐昔洛韦片、泛昔洛韦片，配合免疫调节剂如胸腺肽肠溶片。
4、淋巴结肿大腹股沟淋巴结持续增大超过2厘米，质地硬韧。需排除合并HIV感染可能，完善CD4+T细胞检测，必要时启动抗逆转录病毒治疗。
晚期患者应避免搔抓皮损，穿着宽松棉质内衣，配偶双方共同筛查，定期监测免疫功能及肿瘤标志物。
