单纯性肾囊肿通常无明显症状，多数在体检时偶然发现。部分患者可能出现腰部钝痛、血尿、腹部肿块、高血压、继发感染等症状。
囊肿体积增大可能压迫肾包膜或周围组织，导致患侧腰部持续性隐痛或胀痛，活动后可能加重。疼痛多位于肋脊角或上腹部，与体位变化无关。若囊肿合并出血或感染，疼痛可突然加剧。
囊肿壁血管破裂或压迫肾实质可能导致镜下血尿或肉眼血尿，通常呈间歇性发作。血尿程度与囊肿位置有关，靠近集合系统的囊肿更易引发明显出血。需警惕血尿伴随血块或绞痛时可能存在囊肿破裂。
巨大肾囊肿可在腹部触诊时扪及光滑囊性包块，多见于体型消瘦者。肿块通常无压痛，随呼吸移动，需与肾肿瘤鉴别。囊肿直径超过5厘米时体表触及概率显著增加。
囊肿压迫肾实质可能导致肾素-血管紧张素系统激活，引发继发性高血压。此类高血压多呈难治性，对常规降压药物反应较差。囊肿去顶减压术后血压常可恢复正常。
囊肿内出血或尿路逆行感染可导致发热、寒战等全身症状，伴腰部疼痛加剧。感染性囊肿可能出现脓尿，实验室检查可见白细胞升高。糖尿病患者或免疫功能低下者更易发生。
单纯性肾囊肿患者应定期复查泌尿系统超声监测囊肿变化，避免剧烈运动或腹部外伤。日常保持每日饮水量2000毫升以上，限制高嘌呤饮食以防尿酸升高。若出现持续腰痛、血尿或发热应及时就诊，必要时行CT或MRI检查明确囊肿性质。合并高血压者需严格监测血压，避免使用肾毒性药物。
