真菌性角膜炎多数情况下可以治愈，治疗方法主要有抗真菌药物治疗、清创处理、角膜移植手术、辅助治疗等。早期规范治疗预后较好，但严重感染可能遗留角膜瘢痕。
局部使用那他霉素滴眼液、伏立康唑滴眼液或两性霉素B眼用制剂，严重时需联合口服伊曲康唑。药物需持续使用数周至数月，定期复查调整方案。
医生通过机械清创去除感染灶坏死组织，减少真菌负荷。操作需在显微镜下进行，必要时重复进行以提高药物渗透性。
对药物治疗无效或角膜穿孔者需行穿透性角膜移植术。术后需长期使用抗排斥药物，存在移植排斥风险。
包括散瞳防止虹膜粘连、降眼压药物控制继发青光眼、口服维生素促进修复。禁用糖皮质激素以免加重感染。
治疗期间需保持眼部清洁，避免揉眼，外出佩戴防护镜。饮食注意补充维生素A和优质蛋白，定期复查直至病灶完全愈合。
