食用蜂蜜通常不能直接清洁肠道，但适量饮用蜂蜜水可能有助于促进胃肠蠕动。
蜂蜜的主要成分是果糖和葡萄糖，其高渗透压特性可能刺激肠壁分泌水分，从而软化粪便。部分人群饮用蜂蜜水后出现排便顺畅的现象，可能与果糖吸收不良导致的轻微渗透性腹泻有关。蜂蜜中的低聚糖成分可能作为益生元促进肠道有益菌群繁殖，间接改善肠道微生态环境。但蜂蜜并不具备医学意义上的肠道清洁功能，无法像泻药或灌肠那样清除肠道内宿便或毒素。
过量摄入蜂蜜可能导致果糖不耐受者出现腹胀、腹泻等不适。糖尿病患者、一岁以下婴儿及果糖吸收障碍患者应避免食用。市面上宣称具有"排毒清肠"功效的蜂蜜产品缺乏科学依据，肠道健康人群无须刻意通过蜂蜜清洁肠道。
维持肠道健康建议通过均衡饮食补充膳食纤维，如燕麦、西蓝花等蔬菜水果，每日饮水量保持在1500-2000毫升。出现顽固性便秘或排便习惯改变时，应及时就医排查器质性病变，避免自行使用蜂蜜或其他偏方替代正规治疗。
