电子胃镜检查多数情况下仅有轻度不适，实际感受与患者耐受性、操作技术、咽喉敏感度、心理状态等因素有关。
个体对侵入性检查的耐受程度不同，部分人群可能出现恶心反射，检查前可遵医嘱使用盐酸达克罗宁胶浆等表面麻醉剂缓解。
医师熟练度直接影响导管通过咽喉部的顺畅度，经验丰富的操作可减少摩擦刺激，必要时可配合使用盐酸利多卡因气雾剂等局部麻醉药物。
高敏感体质者易引发强烈呕吐反射，建议检查前4小时禁食，检查时采用左侧卧位，可备用药用炭片吸附消化道气体。
焦虑情绪会放大不适感，检查前可通过正念呼吸训练调节，严重焦虑者可短期使用阿普唑仑片等抗焦虑药物。
检查后2小时内禁食禁水，24小时内避免辛辣刺激饮食，若出现持续胸痛或呕血需立即就医。
