肛瘘通常需要手术治疗，少数轻微病例可能通过药物和保守治疗控制。治疗方法主要有瘘管切开术、挂线疗法、药物治疗、激光治疗等。
适用于低位单纯性肛瘘，通过手术切开瘘管促进愈合，术后需配合坐浴和抗生素预防感染。
针对高位复杂性肛瘘，采用弹性线缓慢切割瘘管，可保护肛门括约肌功能，需多次门诊换线。
急性感染期可使用甲硝唑、头孢克肟等抗生素控制炎症，配合马应龙痔疮膏等外用药物缓解症状。
新型微创方式通过激光闭合瘘管，创伤小恢复快，但适应症有限且复发率需长期观察。
术后保持肛门清洁干燥，避免久坐久站，饮食注意补充膳食纤维预防便秘，定期复查监测恢复情况。
