肠镜检查一般不会感染艾滋病。艾滋病病毒主要通过血液传播、性传播和母婴传播，肠镜检查属于医疗器械操作，正规医疗机构会严格执行消毒灭菌流程。
1、传播途径艾滋病病毒无法通过消化道传播，病毒在体外存活时间极短，规范的消毒程序可完全灭活器械上的病毒。
2、医疗规范正规医疗机构执行一人一镜一消毒制度，肠镜需经过酶洗、浸泡消毒、灭菌等多道处理流程，确保器械无菌状态。
3、感染条件艾滋病感染需要病毒达到一定数量和活性，经破损黏膜或血管进入体内，完整消化道黏膜能有效阻隔病毒侵入。
4、风险防范选择有资质的医疗机构进行检查，术前可要求查看消毒记录，术后出现持续发热等异常症状应及时就医排查。
进行肠镜检查前可咨询医院感染控制措施，检查后注意观察身体状况，日常避免高危行为才是预防艾滋病的关键。
