传染性软疣存在潜伏期主要与病毒复制周期、免疫应答延迟、皮肤屏障功能及接触程度等因素有关，潜伏期通常为2周至6个月。
1. 病毒复制周期传染性软疣病毒进入表皮细胞后需完成吸附、脱壳、基因复制等过程才能形成临床可见的疣体，此过程约需14天。
2. 免疫应答延迟部分人群免疫系统对病毒识别较慢，尤其儿童或免疫功能低下者，病毒可潜伏于角质形成细胞中暂不引发病变。
3. 皮肤屏障功能完整皮肤能暂时阻挡病毒侵入，当皮肤出现微小破损时病毒才会进入，从接触到发病存在时间差。
4. 接触程度差异病毒载量低或间接接触者潜伏期较长，直接皮肤接触且病毒量大者潜伏期缩短，与感染剂量呈负相关。
潜伏期患者虽无皮损仍具传染性，应避免共用毛巾等物品，出现疣体后需及时皮肤科就诊进行冷冻或刮除治疗。
