功能性胃肠病的诊断标准主要依据罗马IV标准，需排除器质性病变后结合症状持续时间与频率综合判断。
1、罗马IV标准罗马IV标准是国际通用的诊断依据，要求症状持续6个月以上且近3个月活跃，需满足特定症状组合如腹痛与排便相关。
2、排除器质病变通过胃肠镜、血液检查等排除炎症性肠病、肿瘤等器质性疾病，实验室检查结果需无异常。
3、症状评估评估腹痛、腹胀、排便习惯改变等症状的严重程度与频率，症状需符合特定亚型如肠易激综合征的功能性胃肠病分类。
4、心理评估部分患者需进行焦虑抑郁量表筛查，功能性胃肠病常与心理因素共病，但非诊断必需条件。
诊断过程中建议记录饮食与症状日记，避免摄入刺激性食物，必要时结合心理干预改善症状。
