原发性脑干损伤并发症主要包括肺部感染、应激性溃疡、深静脉血栓和脑积水，严重时可导致多器官功能障碍综合征。
脑干损伤患者常因吞咽功能障碍导致误吸，引发细菌性肺炎。临床表现为发热、脓痰及氧饱和度下降，需通过痰培养选择敏感抗生素如头孢曲松、莫西沙星或美罗培南治疗。
下丘脑-垂体-肾上腺轴激活导致胃酸过度分泌，出现呕血或黑便。预防性使用质子泵抑制剂如奥美拉唑、泮托拉唑，严重出血时联合生长抑素治疗。
长期卧床引发下肢静脉血流淤滞，表现为患肢肿胀疼痛。低分子肝素如依诺肝素预防性抗凝，已形成血栓时需用利伐沙班或华法林治疗。
脑脊液循环通路受阻导致颅内压增高，出现头痛和意识恶化。轻度可用乙酰唑胺减少脑脊液分泌，重度需行脑室腹腔分流术或第三脑室造瘘术。
患者需定期进行翻身拍背和肢体被动活动，营养支持选择高蛋白流质饮食，监测电解质平衡和神经功能变化。
