系膜增生性肾小球肾炎的严重程度因人而异，多数患者病情较轻且可控，少数可能进展为肾功能不全。病情严重程度主要与病理分级、蛋白尿程度、血压控制及合并症等因素相关。
1、病理分级轻度系膜增生患者预后良好，仅需定期随访；中重度增生可能伴随基底膜增厚，需积极干预。
2、蛋白尿水平24小时尿蛋白定量低于1克者进展缓慢，超过3克可能加速肾功能恶化，需使用血管紧张素转换酶抑制剂控制。
3、血压控制持续高血压会加重肾小球硬化，建议将血压控制在130/80mmHg以下，可选用氨氯地平或缬沙坦等药物。
4、合并症影响合并糖尿病或高脂血症会加速病情进展，需同步控制血糖血脂，定期监测血肌酐和肾小球滤过率。
建议患者限制钠盐摄入，每日蛋白质摄入量控制在0.8克/公斤体重，避免使用肾毒性药物并定期复查尿常规和肾功能。
