目前肛窦炎的主要治疗方法是使用药物保守治疗最为普遍。肛窦炎主要是又因为肛门的部位局部不注意卫生，使肛门局部部位细菌感染导致的炎症。日常生活中，大多数还是使用消炎抗菌的药物进行治疗。药物治疗药效实在不明显的话，还可以使用中药治疗的办法，使用相应的中药对肛门部位灌入药物，将其保留在直肠或结肠内，肠粘膜会主动吸收相关药物，而发挥药物的疗效，一般症状都会明显的改善。如果情况更严重，只能通过手术的方法来进行治疗，对脓肿进行切开，将其排出相关脓液，在手术的过程中要控制交叉感染的情况，避免出现脓肿向别的间隙延展，这种情况下有可能会产生比较复杂的肛瘘。
