大部分先天性心脏病在产检时可以检查出来。孕期有几项筛查畸形的检查，不仅可以筛查先天性心脏病，还可以对胎儿其它畸形进行检测筛查。第1次筛查在怀孕11~13周的范围之内，做产科彩超检查胎儿NT，也就是胎儿颈项透明层的厚度。如果胎儿有存在先天心脏病或者是神经系统畸形可以查看到。第2次进行先心病筛查的时间是怀孕20~24周的范围之内，对胎儿进行系统彩超检查，就是俗称的三维彩超，会了解胎儿结构是否有异常，能够达到85%的筛查几率。如果三维检查发现胎儿心脏有可疑畸形，就需要对胎儿进行胎儿超声心动检查，专门针对胎儿心脏的彩超检查，比三维、四维灵敏度更高。
