艾滋病主要是由HIV-1所致，很少由HIV-2所致，两者均属于逆转录病毒家族中的包膜单链RNA慢病毒。两者都具有人畜共患性，起源于感染非洲灵长类动物的猿猴免疫缺陷病毒，HIV-1来自黑猩猩，HIV-2来自白眉猴。HIV-1有四个不同的谱系，每个谱系都由独立跨物种传播所致。M组导致了99%的HIV感染的全球流行，N、O和P组的传播仅限于西非。HIV-2也主要限于西非，其总体患病率正在下降。与HIV-1比较，HIV-2具有更低的传染性和毒性，感染HIV-2的患者病毒载量较低，一般不会发展成艾滋病。HIV由于逆转录酶的易错特质且在感染个体中病毒复制极快，表现出显著遗传变异性。
