手术治疗通常指传统经典开腹手术，或组织切除术。亦包括腹腔镜微创的胆囊切除以及皮肾镜造瘘取石术及纤胆镜及输尿管镜，膀胱镜取碎石术等无创伤性治疗。它们均须外科手术作后盾(单项成功率不高)且设备昂贵，技术难度不低于传统手术。结石非手术治疗无效时需转手术治疗。结石非手术治疗转为手术治疗时机的掌握非常重要，这个准则由专科医师根据患者体质及结石的状况而定。根文献报道，曾有4cm的胆总管结石服中药后排入肠腔形成肠梗阻，后通过手术取出结石才解决问题。因此就必须有一个高质量的中西医结合、手术与非手术结合的思想与结构主体，以减少患者的痛苦与损伤，提高效价比，服务于社会。
目前，由于体制因素，特殊手术疗法(含微创、腔内取石碎石和透视定位的体外冲击波碎石机)基本上是三甲以上国有医院普外、泌外科的一个项目。因此，要搞好高质量的中西医结合、手术与非手术结合的综合治疗肯定是任重而道远的。
