假膜性肠炎预后通常较好，但需结合病情严重程度、治疗及时性及患者基础健康状况综合判断。轻症患者经规范治疗后多可痊愈，重症或合并基础疾病者可能出现并发症甚至死亡。
假膜性肠炎的预后与多种因素相关。早期确诊并接受规范治疗的患者，尤其是轻中度感染者，症状多在5-10天内缓解。标准治疗方案包括停用相关抗生素、使用甲硝唑片或万古霉素胶囊等针对性药物，同时补充益生菌制剂如双歧杆菌三联活菌散调节肠道菌群。这类患者肠道黏膜伪膜通常可逐渐脱落，腹泻、腹痛症状明显减轻，复发概率较低。营养支持治疗对改善预后具有重要作用，建议采用低渣、高蛋白饮食，必要时通过肠内营养粉剂补充营养。
病情严重或延误治疗者可能出现预后不良。当患者出现中毒性巨结肠、肠穿孔等并发症时，需紧急行结肠切除术等外科干预，术后恢复期延长至2-4周。高龄、免疫功能低下或合并多器官功能障碍者，病死率可能显著增加。部分患者治疗后会遗留肠道菌群失调，表现为持续3-6个月的间歇性腹泻，需长期服用酪酸梭菌活菌片等微生态制剂。实验室指标如血清白蛋白水平低于30g/L、白细胞计数超过15×10⁹/L时，往往提示预后较差。
假膜性肠炎患者康复期应保持充足水分摄入，每日饮水不少于2000毫升，避免高纤维及刺激性食物。恢复后2-3个月内需定期复查粪便艰难梭菌毒素检测，出现复发症状时应立即就医。所有抗生素使用必须严格遵循医嘱，必要时配合布拉氏酵母菌散等预防性益生菌制剂。
