在诊断女性尖锐湿疣时，应注意与以下疾病相鉴别：
(1)皮脂腺异位症：好发于青春期，皮疹多发于口腔黏膜、阴唇等部位，为多发性淡黄色小丘疹，直径1～2毫米，无特殊不适感。
(2)生殖器部位癌：边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。
(3)扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣体表面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阿性。
(4)假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇，发生于20～30岁女性外阴，特别是小阴唇内侧阴道前庭，为1～2毫米黏膜色或淡红色小丘疹，表面光滑如鱼子状，群集分布，无自觉症状。