典型的扁平苔藓其皮疹形态、发病部位及皮疹排列均有特异
性，并多有
瘙痒感，结合组织病理检查可以诊断。那么，不典型者需要与下列疾病鉴别：
1)皮肤淀粉样变：皮疹多发生在双侧小腿伸侧呈对称性，为半球形或略显扁平的丘疹，皮面粗糙而无光泽。刚果红试验阳性。皮肤活检有助于鉴别。
2)神经性皮炎：皮疹多发生在颈项、肘部及胫前等处，常呈典型的苔藓样变，无Wickham纹及口腔黏膜皮损。
3)扁平疣：扁平丘疹常位于面部及手背等暴露部位，多散在分布，有的皮疹可呈条状排列。
4)银屑病：点滴状银屑病可与点滴状扁平苔藓相似，有的寻常性
银屑病可与红斑性扁平苔藓相似，当银屑病出现慢性肥厚性皮疹时可与慢性局限性扁平苔藓相似。但银屑病鳞屑多，往往层层堆积，刮去鳞屑可见到薄膜，刮去薄膜可见到点状出血
5)药疹：特别是药物性扁平苔藓样疹酷似扁平苔藓，但一般药疹多在用药数日至数周后发疹，起病急，皮疹对称分布，停药后多会逐渐消退。
根据服药史和皮肤活检可诊断。
6)结核性苔藓：多为半球形粟粒丘疹，多见于躯干部，散在分布或密集成片，无自觉症状。
7)线状苔藓：苔藓样小丘疹排列成线条状，可仅有一条，亦可为数条平行排列；不痒，好发于一侧上肢或下肢。皮肤病理检查有助于鉴别。