比较多样，与肠内病变的部位、范围、严重程度、病程长短以及有无并发症有关。典型病例多在青年期缓慢起病，病程常在数月至数年以上。活动期和缓解期长短不一，相互交替出现，反复发作中呈渐进性进展。少数急性起病，可有高热、毒血症状和急腹症表现，多有严重并发症。偶有以肛旁周围脓肿、瘘管形成或关节痛等肠外表现为首发症状者。本病主要有下列表现。(一)腹泻常见(87%~95%。多数每日大便6~9次，一般无脓血或粘液；如直肠受累可有脓血及里急后重感。(二)腹痛常见(50%-90%)。多位于右下腹，与末端回肠病变有关。餐后腹痛与胃肠反射有关。肠粘膜下炎症刺激痛觉感受器，使肌层收缩，肠壁被牵拉而剧痛
。浆膜受累、肠周围脓肿、肠粘连和肠梗阻、
肠穿孔和急性腹膜炎以及中毒性巨结肠等均能导致腹痛。以急性阑尾克罗恩病为首发症状的仅占1.8%,但克罗恩病病程中出现一般急性阑尾炎的可达84%~95%。
(三)发热占85%-94%。活动性肠道炎症及组织破坏后毒素的吸收等均能引起发热。一般为中等度热或
低热，常间歇出现。急性重症病例或伴有化脓性并发症时，多可出现
高热、
寒战等毒血症状。(四)
腹块约1/3病例出现
腹块，以右下腹和脐周多见。肠粘连、肠壁和肠系膜增厚、肠系膜
淋巴结肿大、内瘘形成以及腹内脓肿等均可引起
腹块。易与腹腔结核和肿瘤等混淆。(五)便血与溃疡性结肠炎相比，便鲜血者多，量一般不少。(六)其他表现有恶心、呕吐、纳差、乏力、稍瘦、贫血、低白蛋白血症等营养障碍和肠道外表现以及由并发症引起的临床表现。病症分布及对象本病分布于世界各地，中国较欧美少见。近十余年来临床上仍较少见。据1990---2008年国内文献报道，经手术及病理证实的共16例，而2009年文献报道5例。男女间无显著差别。任何年龄均可发病，但青、壮年占半数以上。发病机制
(一)免疫患者的体液免疫和细胞免疫均有异常。半数以上血中可检测到结肠抗体、循环免疫复合体(CIC)以及补体C2,C4的升[克罗恩病]克罗恩病高。利用免疫酶标法在病变组织中能发现杭原抗体复合物和补体C3。组织培养时，患者的淋巴细胞具有毒性，能杀伤正常结肠上皮细胞；切除病变的肠段，细胞毒作用亦随之消失。
白细胞移动抑制试验亦呈异常反应，说明有细胞介导的迟发超敏现象；结核菌素试验反应低下；二硝基氯苯(DNCB)试验常为阴性，均支持细胞免疫功能低下。近年来还发现某些细胞因子，如II-1,2,4,6,8,10,y干扰素和a肿瘤坏死因子等与炎症性肠病发病有关。说明CD的发病可能与免疫异常有一定关系。(二)感染应用特异性的DNA探针以PCR方法发现2/3CD患者组织中有副结核分枝杆菌(MP)；用CD组织匀浆接种金黄地鼠，半数出现
肉芽肿性炎症，40%为MPPCR阳性；CD组织中可找到麻疹病毒包涵体；在无菌环境下，实验动物不能诱发肠道炎症；另外甲硝唑对CD有一定疗效。所有这些均提示感染在CD的发病中可能有一定作用。(三)遗传本病发病有明显的种族差异和家族聚集性。就发病率而言，白种人高于黑人，单卵双生高于双卵双生；CD患者有阳性家族史者10%一15%；研究发现本病存在某些基因缺陷。
以上提示本病存在遗传倾向。以前的研究证明了16号染色体上的一种基因的突变与克罗恩氏病之间的关系。近期发表的一些文章确定这种基因是NOD2基因，在细菌触发的炎症反应中起作用。临床上使用抗菌素治疗某些克罗恩氏病。在实验室里，在无菌环境中制备的炎症性肠病(IBD)动物模型经常不表现为IBD。因此NOD2基因是克罗恩氏病的易患基因非常好的候选，以及与克罗恩氏病发生、免疫反应和肠细菌作用有关的一种重要共同致病因子。
NOD2是一种富含亮氨酸的重复基因，为感知脂多糖所必须并可激活核因子κB(NF-κB)信号传递途径。类固醇可抑制NF-κB以及肿瘤坏死因子和其它细胞因子的表达。克罗恩氏病病人单核细胞NF-κB激活和肿瘤坏死因子表达加速。NOD2表达局限在单核细胞，在这里作为致病细菌成分的细胞浆受体。易患结肠炎的小鼠脂多糖信号传递有缺陷。研究人员筛查了512例来自德国和英国家庭或德国三人组(有IBD的德国病人及他们无病的父母)的病人，以及正常对照。
溃疡性结肠炎或克罗恩氏病的诊断通过临床、放射学、内窥镜和组织学检查确定。将不确定结肠炎病人从研究中排除。6%克罗恩氏病病人是NOD2纯合子。溃疡性结肠炎病人没有属于这一类的，对照组也没有NOD2纯合子。NOD2杂合子存在于18%的克罗恩氏病、6%的溃疡性肠炎病人，以及8%的对照。Hampe等人指出，突变少见，只有6.5%的克罗恩氏病病人是纯合子。这种突变为克罗恩氏病的发生提供了高度风险。NOD2和溃疡性肠炎之间没有相关性，但是NF-κB活化在克罗恩氏病强于溃疡性肠炎。
病理总的来说，克罗恩病克罗恩病为贯穿肠壁各层的增殖性病变，并侵犯肠系膜和局部淋巴结。病变局限于小肠(主要为末端回肠)和结肠者各占30%，二者同时累及各占40%，常为回肠和右半结肠病变。Crohn将病理变化分为急性炎症期、溃疡形成期、狭窄期和痰管形成期(穿孔期)。本病的病变呈节段分布，与正常肠段相互间隔，界限清晰，呈跳跃区(skiparea)的特征。急性期以肠壁水肿炎变为主；慢性期肠壁增厚、僵硬，受累肠管外形呈管状，其上端肠管扩张。粘膜面典型病变有:①溃疡:早期浅小溃疡，后成纵行或横行的溃疡，深入肠壁的纵行溃疡即形成较为典型的裂沟，沿肠系膜侧分布。肠壁可有脓肿。②卵石状结节:由于粘膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛突起，加上溃疡愈合后纤维化和疤痕的收缩，使粘膜表面似卵石状。③
肉芽肿:无干酩样变，有别于结核病。肠内
肉芽肿系炎症刺激的反应，并非克罗恩病独有；且20%~30%病例并无肉芽肿形成，故不宜称为肉芽肿性肠炎。
④瘘管和脓肿:肠壁的裂沟实质上是贯穿性溃疡，使肠管与肠管、肠管与脏器或组织(如膀耽、阴道、肠系膜或腹膜后组织等)之间发生粘连和脓肿，并形成内瘘管。如病变穿透肠壁，经腹壁或肛门周围组织而通向体外，即形成外瘘管。