肾囊肿有可能复发。如果治疗不彻底，存在存留组织，可能导致复发，但复发可能性较小。
肾囊肿可通过药物注射方式进行治疗，但如果治疗不彻底，没有彻底烧伤肾囊肿内壁组织，易出现肾囊肿复发问题。手术治疗时，若没有彻底切除囊肿壁或切除较少，囊肿也易复发。这种情况相对较少见，大多数肾囊肿都可做到完全治愈，复发可能性较小。
肾囊肿是一种良性疾病，一般情况下不会伴随恶性病变，且发展速度也较缓慢，并不会产生很大影响，治疗难度较小。虽然治好后有可能复发，但复发肾囊肿也不会引起严重问题，复发后可先观察，但如果说引起明显临床表现，则需及时做手术治疗，伴有恶性病变时也要及时治疗。