肛周脓肿严重与否取决于肛周病变程度。浅表性肛周脓肿治疗难度小，一般都不严重。深部肛周脓肿可能因延误导致严重并发症，病情比较严重。
一、浅表性肛周脓肿一般不严重
有些肛周脓肿属于是浅表性肛周脓肿，其主要表现是局部红、肿、热、痛，再就是会有轻微全身感染中毒症状。通过口服广谱抗生素以及外涂消炎止痛药物就能达到治疗目的，不会造成很大伤害。
二、深部肛周脓肿比较严重
如果是深部肛周脓肿，病情比较严重。深部肛周脓肿局部红、肿、热、痛症状表现比较轻，但全身中毒症状比较严重。在体征较轻而感染中毒症状严重情况下很容易误诊，这样就会造成治疗不及时的问题。时间长了就会导致脓毒败血症等严重并发症，甚至危及患者生命。