三叉神经痛发病的病理基础是神经节细胞消失，神经纤维脱髓鞘或髓鞘增厚，轴索变细或消失，部分患者可发现颅后窝异常小血管团压迫三叉神经根或延髓外侧。
大量的临床总结发现，三叉神经痛的发生还与营养缺乏有关。由于长期吃素或不吃主食，盲目节食，身体缺乏必要的营养成分常可诱发三叉神经痛。另外，约有一半的患者，在面部都有一个或多个特别敏感的触发点，稍不注意就会触动引发疼痛，并放射到全身。还有少数患者因为情绪和心情上放不开，整天眉头紧锁，为可能要到来的疼痛提心吊胆，结果是造成肝郁气滞，郁久化火，上扰脑窍，而导致疼痛发作。
