单纯疱疹病毒(HSV)是双链DNA病毒，分为Ⅰ和Ⅱ型。HSV-2是生殖器疱疹的主要病因，通过性接触传染。在性接触过程中，HSV-2随体液经破损的黏膜或皮肤入侵上皮细胞内进行复制，破坏上皮细胞，引起炎症和免疫反应。皮损消退后，病毒沿神经轴索进入神经节，潜伏于骶神经根区。HSV-1经唾液传染，主要引起口唇等部位的疤疹病，潜伏于面部的三叉神经根和颈上神经节内。
在受到某些因素激惹，病毒复活，沿神经移行至皮肤黏膜，引起疾病复发。而抗疱疹病毒的药物只能阻止病毒复制，减轻症状，减少水疱和溃疡的发生，加快皮损愈合，减少排毒，缩短病程，但并不能完全将病毒从人体清除，故生殖器疱疹易反复发作。
