非淋菌性尿道炎不能自愈，可通过西药治疗、中药治疗、一般治疗等方法控制炎症感染，消除局部症状。
1、西药治疗
医药治疗以抗生素治疗为主，应用敏感度较高的抗生素，消除致病菌，减少炎症感染性症状。抗生素类药物较多，以喹诺酮类药物应用较为广泛。
2、中药治疗
中医根据发病诱因将非淋菌性尿道炎分为：膀胱湿热型、肾阴不足型、肝胆郁热型、脾肾阳虚型、胃肠湿热型。以清热利湿、解毒通淋为治疗原则，不同病症采取不同治疗方法，辨证施治，控制症状，消灭致病菌，解除诱发因素，防止复发。
3、一般治疗
一般治疗适合轻度病症，通过一般调养，
多饮用水，增加排尿量，冲刷尿道病菌，减
少尿液对炎症组织刺激，促进炎症吸收。
