半飞秒手术过程中通常不会感到明显疼痛。手术前会使用表面麻醉眼药水，术中仅有轻微压迫感或异物感，术后可能出现短暂眼部不适。
半飞秒激光手术采用计算机精准控制，角膜瓣制作和激光切削均在数十秒内完成。术中使用的表面麻醉剂能有效阻断角膜神经传导，患者仅会感知到开睑器撑开眼睑的触感以及激光设备接触眼球产生的压力。部分敏感人群可能描述为酸胀或轻微刺痛，但疼痛程度远低于日常眼部外伤或炎症。
术后2-4小时麻醉消退后，可能出现流泪、畏光、异物感等刺激症状，属于角膜上皮修复的正常反应。约三成患者需要遵医嘱使用缓解不适的人工泪液，如玻璃酸钠滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液等。极少数角膜较薄或术中配合不佳者，可能经历较强烈的不适感，这种情况可通过医生开具的镇痛类眼药水控制。
术后24小时内应严格避免揉眼，按规范使用抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液预防感染。建议佩戴防护镜防止睡眠时无意识触碰眼睛，保持环境湿度有助于减轻干眼症状。若出现持续剧痛伴视力下降需立即返院检查，排除角膜瓣移位或感染等并发症。