牙线更适合日常清洁牙缝，牙签更适合临时处理嵌塞食物。牙线能更有效清除牙菌斑，牙签使用不当可能损伤牙龈。
牙线和牙线棒能深入牙缝清除邻面菌斑，减少龋齿和牙龈炎风险。牙线材质柔软可贴合牙齿弧度，尼龙或PTFE材质的牙线不易分叉。牙线使用时呈C形包绕牙面上下刮擦，对牙龈刺激较小。水牙线通过脉冲水流清洁，适合正畸人群或牙缝较大者。牙线清洁效率高但需要学习正确手法，初期可能引起轻微出血。
牙签适合应急剔除大块食物残渣，木质或竹质牙签成本较低。牙签尖端容易刺伤牙龈乳头导致萎缩，长期使用可能加宽牙缝。金属牙签可能磨损牙釉质，塑料牙签柔韧性较差。牙签无法清除牙菌斑，仅能处理肉眼可见的食物残渣。使用牙签时应保持45度角沿牙龈方向轻挑，避免垂直用力戳刺。
建议优先选择牙线作为日常清洁工具，掌握巴氏刷牙法配合牙线使用。餐后若使用牙签需选择圆钝无毛刺的产品，清洁后及时漱口。每半年进行口腔检查，根据牙缝情况选择牙间刷或冲牙器等辅助工具。牙龈红肿出血者应避免使用牙签，改用蜡质牙线轻柔清理。