比基尼脱毛可能引起皮肤刺激、毛囊炎、色素沉着、过敏反应或皮肤损伤等副作用。脱毛方式不同，副作用的发生概率和严重程度也有所差异。
使用剃刀或脱毛膏进行比基尼脱毛时，皮肤可能出现轻微红肿或刺痛，这与局部摩擦或化学成分刺激有关。脱毛后毛孔暂时性扩张，细菌可能侵入引发毛囊炎，表现为红色丘疹或脓疱。蜜蜡脱毛可能因强力拉扯导致表皮微小撕裂，敏感肌肤更容易出现此类问题。激光脱毛过程中能量控制不当可能灼伤皮肤，术后护理不足会加重炎症反应。部分人群对脱毛产品中的香料或防腐剂过敏，接触后会产生瘙痒性皮疹。
比基尼区域皮肤薄且神经丰富，脱毛后应穿着宽松棉质内衣减少摩擦。24小时内避免使用含酒精的护肤品，可涂抹芦荟胶舒缓肌肤。出现持续红肿或化脓时需就医处理，防止感染扩散。激光脱毛后需严格防晒，防止紫外线加重色素沉着。过敏体质者应先在小面积皮肤测试脱毛产品，确认无不良反应再大面积使用。