肛漏手术后可能出现后遗症，但多数患者术后恢复良好。肛漏通常是指肛瘘，是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道。
术后常见不适包括短暂性肛门疼痛、轻微渗液或出血，这些症状通常会在1-2周内逐渐缓解。部分患者可能出现肛门括约肌功能暂时性减弱，表现为排便控制力下降，但通过提肛锻炼多可恢复。伤口愈合期可能出现瘙痒感，保持局部清洁干燥有助于减轻症状。
少数情况下可能发生肛门狭窄、瘘管复发或切口感染等并发症。肛门狭窄多与瘢痕形成有关，需定期扩肛治疗。瘘管复发常因术中未能彻底清除内口导致，需二次手术处理。切口感染表现为红肿热痛，需及时就医进行抗感染治疗。糖尿病患者、免疫力低下者更易出现愈合不良。
术后应保持肛门清洁，每日用温水坐浴2-3次，避免久坐久站。饮食需增加膳食纤维摄入，推荐食用西蓝花、燕麦等食物，预防便秘。术后1个月内禁止剧烈运动和重体力劳动，3-6个月内定期复查。出现发热、持续出血或剧烈疼痛需立即就医。