5岁进行巨结肠手术通常不晚，但需结合患儿具体病情及医生评估决定。先天性巨结肠的手术时机与病变肠段长度、并发症严重程度等因素相关，多数患儿在确诊后1岁内完成手术效果较好，但部分病情稳定者延迟至5岁手术仍可取得良好预后。
对于未出现严重肠梗阻、营养不良或反复肠炎的患儿，5岁手术仍属可行。此时患儿耐受性较婴幼儿期更强，术后配合度更高，有利于恢复。手术通常采用经肛门Soave术或腹腔镜辅助手术，术后需关注排便功能训练，多数患儿经规范康复后可接近正常生活。部分研究显示，延迟手术患儿在术后控便能力、生长发育等方面与早期手术组无显著差异。
若已继发巨结肠相关性小肠结肠炎、顽固性便秘导致生长发育迟缓，则需尽快手术干预。延迟治疗可能加重肠壁神经节细胞缺失段的扩张，增加术后污粪、便秘复发等风险。此类患儿术后需更长期的排便管理，必要时需结合生物反馈治疗改善肛门直肠功能。
术后应遵循少食多餐原则，优先选择高蛋白、低渣饮食如鱼肉泥、蒸蛋等，逐步增加膳食纤维摄入。家长需每日记录患儿排便次数及性状，定期复查肛门直肠测压，坚持进行提肛训练和腹部按摩。避免剧烈运动3-6个月，注意观察腹胀、发热等异常症状，术后1年内每3个月需随访评估生长发育曲线。