非淋菌性尿道炎可能引起附睾炎、前列腺炎、盆腔炎、不孕不育、反应性关节炎等并发症。这些并发症多由病原体扩散或免疫反应异常导致，需及时干预。
1、附睾炎：
沙眼衣原体或解脲支原体上行感染可引发附睾炎，表现为阴囊肿胀、疼痛及发热。急性期需通过多西环素、阿奇霉素等抗生素治疗，慢性反复发作可能影响生精功能。超声检查可辅助诊断，伴随尿频尿急时需与泌尿系感染鉴别。
2、前列腺炎：
病原体经尿道逆行感染前列腺，导致会阴部胀痛、排尿困难。慢性前列腺炎可能引起精液质量下降，治疗需选用穿透前列腺包膜的药物如左氧氟沙星。直肠指检和前列腺液常规检查有助于明确诊断。
3、盆腔炎：
女性患者可能出现输卵管炎、子宫内膜炎等盆腔炎症，表现为下腹痛、异常阴道分泌物。长期未治可导致输卵管粘连，增加宫外孕风险。腹腔镜检查是诊断金标准，治疗需联合头孢曲松和多西环素。
4、不孕不育：
生殖道慢性炎症可造成输卵管阻塞或输精管狭窄，男性精液参数异常发生率增高。女性盆腔粘连可能阻碍受精卵运输，需通过输卵管造影评估。辅助生殖技术可能成为严重病例的最终选择。
5、反应性关节炎：
沙眼衣原体感染后1-4周可能出现膝关节、踝关节不对称肿痛，伴发结膜炎或尿道炎时称为赖特综合征。HLA-B27基因阳性者风险更高，非甾体抗炎药和免疫调节剂可缓解症状。
预防并发症需做到早期规范治疗，完成足疗程抗生素使用。治疗期间避免性生活，性伴侣需同步检查。日常保持外阴清洁干燥，穿棉质透气内裤。饮食宜清淡，多饮水促进排尿冲洗尿道。适度运动增强免疫力，但急性期应避免剧烈活动。定期复查确保病原体清除，出现腰酸、关节痛等异常及时就诊。