生殖道沙眼衣原体感染可通过核酸检测、抗原检测、细胞培养、血清学检测、直接免疫荧光法等方法确诊。核酸检测灵敏度高，抗原检测操作简便，细胞培养为金标准但耗时较长，血清学检测适用于慢性感染，直接免疫荧光法快速但依赖操作者经验。
1、核酸检测
核酸检测采用聚合酶链反应技术，通过扩增沙眼衣原体的特异性DNA片段实现检测。该方法对泌尿生殖道拭子或尿液样本中的病原体核酸具有极高灵敏度，可检出极低载量感染。核酸检测能区分不同血清型，但需避免样本交叉污染导致假阳性。临床常用沙眼衣原体核酸检测试剂盒包含核酸提取与扩增步骤，结果需结合临床表现综合判断。
2、抗原检测
抗原检测通过标记抗体识别沙眼衣原体脂多糖抗原，常用酶联免疫吸附试验或免疫层析法。宫颈或尿道拭子样本经处理后，抗原抗体复合物会产生显色反应。该方法操作简单且成本较低，适合基层医疗机构筛查，但敏感性低于核酸检测，可能出现假阴性。检测时需规范采集样本，避免阴道分泌物干扰结果判读。
3、细胞培养
细胞培养将临床标本接种于McCoy细胞系，经离心孵育后观察包涵体形成。该方法为诊断金标准，特异性接近100%，可同时进行药敏试验。但需专业实验室支持，样本运输需保持低温，培养周期需3-7天。阳性结果具有确诊价值，阴性结果不能完全排除感染，需结合其他检测方法复核。
4、血清学检测
血清学检测通过检测IgG/IgM抗体判断感染状态，适用于输卵管炎等深部组织感染诊断。微量免疫荧光法可区分沙眼衣原体不同血清型抗体，但无法区分现症感染与既往感染。急性期与恢复期抗体滴度4倍升高有诊断意义，单次检测阳性需结合临床症状评估。该方法对新生儿肺炎诊断有特殊价值。
5、直接免疫荧光法
直接免疫荧光法使用荧光标记单克隆抗体，直接检测临床标本中的原体颗粒。宫颈或尿道拭子涂片固定后，在荧光显微镜下观察苹果绿色荧光包涵体。该方法2小时内可获得结果，但敏感性与操作者经验密切相关，样本质量要求高。现多作为核酸检测的补充手段，阳性结果需结合其他检测确认。
确诊生殖道沙眼衣原体感染需根据检测目的选择合适方法，高危人群建议每3-6个月筛查。日常应避免无保护性行为，确诊后性伴侣需同步检测治疗。治疗期间禁止饮酒及辛辣饮食，完成疗程后需复查确认病原体清除。合并盆腔炎患者需卧床休息，出现持续腹痛或发热应及时复诊。