百香果籽一般是可以吃的，不需要刻意嚼烂。百香果籽含有膳食纤维和少量油脂，吞咽后通常会被人体自然排出，但消化功能较弱的人群建议少量食用。
百香果籽外壳较硬，直接吞咽可能增加胃肠负担，尤其对于胃肠功能紊乱或存在消化道疾病的人群。咀嚼不充分的籽粒可能刺激胃肠黏膜，导致腹胀或轻微腹痛。健康人群偶尔吞咽整粒籽通常不会引起不适，但长期大量摄入可能影响营养吸收效率。百香果籽中的多酚类物质具有抗氧化作用，但生物利用度受咀嚼程度影响。儿童及老年人食用时建议用滤网分离籽粒，或将果肉连籽打成果汁饮用。
食用百香果时建议选择成熟果实，果肉呈凝胶状包裹籽粒更易吞咽。对籽粒口感敏感者可选择黄金百香果品种，其籽粒较紫皮品种更柔软。若出现持续胃肠不适，应暂停食用并咨询医生。日常保存百香果需放置阴凉通风处，切开后建议尽快食用以保证风味。