HPV九价疫苗和四价疫苗的主要区别在于预防的病毒型别数量及适用年龄范围，九价可预防9种高危型HPV病毒且覆盖更广年龄段，四价预防4种型别且适用年龄较窄。
九价HPV疫苗能预防HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58共9种型别，其中7种为高危型，覆盖约90%的宫颈癌相关病毒。该疫苗适用于9-45岁女性及男性，对肛门癌、口咽癌等也有预防作用。接种程序为3针，第0、2、6个月各一针。四价疫苗仅覆盖HPV6、11、16、18四种型别，主要预防70%的宫颈癌及90%的生殖器疣，适用年龄为20-45岁女性，接种周期与九价相同。两种疫苗均需在未感染HPV前接种效果最佳，常见不良反应为注射部位疼痛或低热。
从保护范围看，九价比四价多预防5种高危型HPV，尤其包含亚洲人群高发的52、58型。但四价疫苗价格通常更低且供应更稳定。男性接种九价可降低伴侣感染风险，而四价未批准用于男性。疫苗选择需结合年龄、经济条件及当地可及性，建议优先接种九价。无论选择哪种，完成全程接种后均无须补种其他HPV疫苗。
接种HPV疫苗后仍需定期进行宫颈癌筛查，因疫苗不能清除已存在的感染。日常应注意性卫生、避免多个性伴侣，并保持健康生活方式增强免疫力。若接种后出现持续高热或严重过敏反应，应及时就医处理。