长期滴眼药水可能引发药物依赖性干眼、角膜损伤、结膜炎症等危害，需严格遵医嘱使用。
长期频繁使用含防腐剂的眼药水会破坏泪膜稳定性，导致眼睛对药液产生依赖，天然泪液分泌减少，出现干涩、灼烧感等症状。部分抗生素类眼药水可能诱发结膜充血或耐药性。激素类眼药水连续使用超过两周可能升高眼压，增加青光眼风险。人工泪液虽相对安全，但过度使用仍可能稀释自身泪液成分。
特殊情况下，如慢性结膜炎或干眼症患者需长期用药时，应在医生指导下选择无防腐剂剂型，并定期监测角膜状态。糖尿病患者长期使用含血管收缩剂的眼药水可能掩盖眼底病变征兆。部分抗过敏眼药水长期使用可能加重过敏反应或导致结膜色素沉着。
建议避免自行长期使用眼药水，出现眼部不适时优先通过热敷、眨眼训练等物理方式缓解。使用眼药水期间如出现视力模糊、眼痛等症状需立即停用并就诊。日常可增加深海鱼类、胡萝卜等富含维生素A的食物摄入，保持用眼环境湿度，每用眼40分钟远眺放松。