嗜酸细胞性胃肠炎容易与克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、食物过敏及寄生虫感染等疾病混淆。这些疾病在症状上存在重叠，但病因和治疗方案存在差异。
1、克罗恩病
克罗恩病是一种慢性炎症性肠病，可累及胃肠道的任何部位。与嗜酸细胞性胃肠炎相似，克罗恩病也会出现腹痛、腹泻、体重下降等症状。但克罗恩病的病理特征为非连续性透壁性炎症，内镜下可见纵行溃疡和鹅卵石样改变，而嗜酸细胞性胃肠炎则以嗜酸性粒细胞浸润为主要特征。克罗恩病的治疗通常需要免疫抑制剂或生物制剂，而嗜酸细胞性胃肠炎则以糖皮质激素为主。
2、溃疡性结肠炎
溃疡性结肠炎也是一种炎症性肠病，主要累及结肠和直肠。与嗜酸细胞性胃肠炎类似，溃疡性结肠炎患者也会出现腹泻、腹痛、血便等症状。但溃疡性结肠炎的病变局限于黏膜层，内镜下可见连续性弥漫性炎症和溃疡形成。溃疡性结肠炎的治疗方案包括氨基水杨酸制剂、糖皮质激素和免疫调节剂，与嗜酸细胞性胃肠炎的治疗有所区别。
3、肠易激综合征
肠易激综合征是一种功能性胃肠病，表现为腹痛、腹胀、排便习惯改变等症状。这些症状与嗜酸细胞性胃肠炎有相似之处，但肠易激综合征没有器质性病变，实验室检查和内镜检查通常无异常发现。肠易激综合征的治疗以对症治疗和生活方式调整为主，而嗜酸细胞性胃肠炎则需要针对炎症进行治疗。
4、食物过敏
食物过敏也可引起胃肠道症状，如腹痛、腹泻、呕吐等，与嗜酸细胞性胃肠炎相似。但食物过敏通常起病急骤，常伴有皮肤、呼吸道等全身过敏反应。食物过敏的诊断主要依靠病史和过敏原检测，治疗以回避过敏原为主。嗜酸细胞性胃肠炎虽然可能与食物过敏有关，但其病理改变更为持久，需要长期管理。
5、寄生虫感染
某些寄生虫感染，如蛔虫病、钩虫病等，也可引起胃肠道症状和嗜酸性粒细胞增多，容易与嗜酸细胞性胃肠炎混淆。寄生虫感染通常有流行病学史，粪便检查可发现虫卵或寄生虫。寄生虫感染的治疗以驱虫药为主，而嗜酸细胞性胃肠炎则需要抗炎治疗。
嗜酸细胞性胃肠炎的确诊需要结合临床表现、实验室检查、内镜及病理检查结果综合判断。对于疑似患者，建议及时就医，完善相关检查以明确诊断。日常生活中，患者应注意饮食卫生，避免进食可能引起过敏的食物，保持规律作息，适当运动以增强体质。同时应遵医嘱定期复查，监测病情变化，及时调整治疗方案。