肠镜通常不会引起明显后遗症，但少数情况下可能出现轻微不适或并发症。肠镜检查是诊断肠道疾病的重要手段，安全性较高，操作规范的前提下风险较低。
多数患者检查后仅出现短暂腹胀或肛门不适，与检查过程中注气扩张肠道有关，通常数小时内自行缓解。部分敏感人群可能因麻醉药物残留产生头晕、恶心等反应，休息后多可恢复。检查后24小时内避免驾驶或高空作业，有助于减少麻醉相关风险。
极少数情况下可能发生肠道黏膜擦伤、出血或穿孔，多见于存在肠粘连、肠憩室等基础病变的患者。选择经验丰富的医师操作、检查前充分评估适应症，可显著降低此类风险。术后持续腹痛、便血或发热需立即就医。
肠镜检查后建议2小时内禁食，之后从流质饮食逐渐过渡到正常饮食，避免辛辣刺激食物。24小时内不宜剧烈运动，可适当散步促进肠蠕动恢复。长期服用抗凝药物者需遵医嘱调整用药方案，检查前完成凝血功能评估。定期肠镜筛查能有效预防结直肠癌，建议50岁以上人群每5-10年检查一次。