脑血管超声和脑核磁共振的准确性需根据检查目的判断，脑血管病变筛查优先选择脑核磁共振，血流动力学评估则脑血管超声更具优势。两种检查的差异主要体现在成像原理、适应症、分辨率等方面。
脑核磁共振利用磁场和射频波生成高分辨率三维图像，对脑实质病变、微小梗死灶、肿瘤及血管畸形的检出率显著高于超声。弥散加权成像可在脑梗死超早期显示病灶，磁共振血管成像无需造影剂即可清晰显示Willis环结构。但检查时间较长，对患者配合度要求高，且体内金属植入物可能限制其应用。
脑血管超声通过多普勒效应实时监测血流动力学参数，在评估颈动脉狭窄程度、监测脑血流自动调节功能方面具有不可替代性。经颅多普勒可床旁重复进行，特别适合术后监测及危重患者。但对操作者经验依赖性强，颅骨较厚时可能出现声窗穿透不良，对后循环血管显示效果有限。
临床实践中常需联合应用两种检查手段。急性卒中患者可先用超声快速评估血管闭塞情况，再通过核磁共振明确梗死范围。长期随访的脑血管病患者建议定期进行超声筛查，每1-2年补充核磁共振检查。检查选择应综合考虑病情紧急程度、经济成本以及医疗机构设备条件，神经科医生会根据具体症状开具针对性检查方案。