气溶胶吸入疗法可能出现咽喉刺激、咳嗽、胸闷等不良反应，严重时可能诱发支气管痉挛或过敏反应。主要风险因素包括药物成分不耐受、操作不当、基础疾病未控制等，需严格遵医嘱使用并监测反应。
气溶胶吸入疗法通过雾化装置将药物分散成微小颗粒直达呼吸道，局部药物浓度高且全身副作用较少。但部分患者吸入后可能出现咽喉干燥或轻微刺痛感，这与雾化液渗透压或温度刺激有关，通常暂停吸入后可自行缓解。β2受体激动剂类雾化药物可能引起心悸、手抖等交感神经兴奋症状，而糖皮质激素雾化可能导致口腔念珠菌感染，使用后需及时漱口。雾化面罩或咬嘴清洁不当可能引发交叉感染，表现为发热或痰液性状改变。
支气管高反应性患者吸入某些药物可能诱发喘息加重，这与气道平滑肌异常收缩有关，需立即停止雾化并改用支气管扩张剂。极少数患者对雾化药物中的辅料如防腐剂存在过敏反应，表现为皮疹、喉头水肿等超敏症状，需紧急抗过敏处理。慢性阻塞性肺疾病患者若雾化吸入高浓度氧可能抑制呼吸驱动，而心力衰竭患者过量吸入生理盐水雾化可能加重循环负荷。
进行气溶胶吸入治疗时应选择坐位以保证药物沉积，雾化前后避免进食减少误吸风险。定期清洗雾化器配件并用煮沸法消毒，不同患者雾化器禁止混用。出现持续呛咳、呼吸困难或心悸等不适需立即停止治疗并就医评估，长期雾化患者应定期检查肺功能和口腔黏膜。雾化药物配伍须遵循药剂师指导，避免混合使用产生沉淀或降低药效。