支气管镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能出现轻度不适或异物感。检查过程需经鼻腔或口腔插入软管状内窥镜，通过喉部进入气管和支气管，多数患者在局部麻醉下可耐受操作。
检查前会使用利多卡因等表面麻醉剂喷洒鼻腔和咽喉，减轻插管时的不适感。操作中患者保持清醒状态，可能感受到气管内的压迫感或引发咳嗽反射，此时通过鼻腔缓慢深呼吸可缓解症状。医生会实时观察气道黏膜状况，必要时进行活检或灌洗，这些操作可能产生轻微牵拉感。整个检查过程通常持续5-15分钟，术后1-2小时需禁食禁水以避免误吸。
部分敏感体质患者可能出现较明显的咽喉刺激或憋气感，儿童或气道狭窄者不适感可能加重。严重心肺功能不全、凝血障碍或主动脉瘤患者存在较高风险，这类人群需提前评估适应症。极少数情况下可能发生喉痉挛、出血或气胸等并发症，但发生率不足1%。
检查后可能出现短暂声音嘶哑或痰中带血，通常1-3天自行缓解。建议术后24小时内避免剧烈运动，出现持续胸痛、呼吸困难或大量咯血需立即就医。对于恐惧感较强的患者，可选择无痛支气管镜检查，在静脉麻醉下完成操作。