脑囊肿能否治愈取决于类型和严重程度，多数可通过手术根治。治疗方法主要有显微外科切除术、神经内镜手术、分流术、立体定向穿刺抽吸术、药物治疗等。
1、显微外科切除术
显微外科切除术适用于位置表浅或引起明显症状的脑囊肿。通过开颅手术在显微镜辅助下完整切除囊壁，可有效防止复发。该手术对蛛网膜囊肿、表皮样囊肿等效果显著，但需评估患者心肺功能及手术耐受性。
2、神经内镜手术
神经内镜手术通过鼻腔或小骨窗入路处理脑室内囊肿，具有创伤小、恢复快的优势。对第三脑室胶样囊肿、透明隔囊肿等深部病变尤为适用，术后可能出现短暂头痛或脑脊液漏，多数可自行缓解。
3、分流术
分流术常用于无法完全切除的囊性病变，通过植入分流管将囊液引流至腹腔。适用于儿童先天性蛛网膜囊肿或术后复发患者，需定期复查防止分流管堵塞或感染，部分患者后期仍需二次手术。
4、立体定向穿刺抽吸术
立体定向穿刺抽吸术在CT引导下穿刺抽吸囊液缓解压迫，适用于高龄或基础疾病多的患者。对单纯性囊性病变如松果体囊肿短期效果明显，但约三成患者可能复发需联合囊壁硬化治疗。
5、药物治疗
药物治疗主要用于控制继发症状或术前准备。甘露醇注射液可缓解囊肿引起的颅内高压，左乙拉西坦片预防囊肿相关性癫痫，醋酸泼尼松龙片减轻术后炎症反应。药物无法消除囊肿本身。
脑囊肿患者术后需保持伤口清洁干燥，避免剧烈运动或头部碰撞。饮食宜选择高蛋白食物如鱼肉、鸡蛋促进恢复，限制钠盐摄入预防脑水肿。定期复查头颅CT或MRI监测病情变化，若出现持续头痛、呕吐或意识改变应立即就医。未手术的小型无症状囊肿可每年随访观察。