CT和核磁共振对身体的潜在影响不同，通常CT的辐射风险略高，而核磁共振无电离辐射但存在其他禁忌。具体选择需根据检查部位、病情需求及个体情况综合评估。
CT检查使用X射线成像，会产生少量电离辐射，可能对敏感组织如甲状腺、乳腺等造成累积性影响，但单次检查的辐射剂量在安全范围内。低剂量CT技术的应用进一步降低了风险，但重复检查需谨慎评估必要性。核磁共振利用磁场和射频波成像，无电离辐射，更适合儿童、孕妇等特殊人群。但体内有金属植入物、心脏起搏器等患者可能因磁场干扰而受限，检查过程中噪音和幽闭空间也可能引发不适。
两种检查的适用场景存在差异。CT对肺部、骨骼等硬组织分辨率高，急诊出血或外伤时效率更优；核磁共振对脑组织、脊髓、关节软骨等软组织显像更精细，适用于肿瘤早期筛查或神经系统病变。部分复杂病例可能需要联合检查以互补信息，此时医生会权衡风险收益比。
检查前需如实告知医生病史、过敏史及体内金属物情况，配合去除随身饰品。检查后无须特殊防护，但若需多次复查应主动与医生沟通优化方案。日常避免不必要的医学影像检查，定期体检可选择超声等无辐射方式作为补充。